第二代DNA测序技术的操作流程?
操作流程如下:
1、测序文库的构建
首先准备基因组,然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头。
如果是转录组测序,则文库的构建要相对麻烦些,RNA片段化之后需反转成cDNA,然后加上接头,或者先将RNA反转成cDNA,然后再片段化并加上接头。
2、锚定桥接
Solexa测序的反应在叫做flowcell的玻璃管中进行,flowcell又被细分成8个Lane,每个Lane的内表面有无数的被固定的单链接头。
上述步骤得到的带接头的DNA片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构,以供后续的预扩增使用。
3、预扩增
添加未标记的dNTP和普通Taq酶进行固相桥式PCR扩增,单链桥型待测片段被扩增成为双链桥型片段。
通过变性,释放出互补的单链,锚定到附近的固相表面。
通过不断循环,将会在Flowcell的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。
4、单碱基延伸测序
在测序的flowcell中加入四种荧光标记的dNTP、DNA聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号,并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段的序列信息。
5、数据分析
这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分,但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。
测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列,要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的Contigs甚至是整个基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上,并进一步分析得到有生物学意义的结果。
免疫组化和二代测序的区别?
免疫组化,是应用免疫学基本原理抗原抗体反应,即抗原与抗体特异性结合的原理,通过化学反应使标记抗体的显色剂(荧光素、酶、金属离子、同位素)显色来确定组织细胞内抗原(多肽和蛋白质),对其进行定位、定性及相对定量的研究,称为免疫组织化学技术或免疫细胞化学技术。
二代测序又称下一代测序技术,是对第一代测序技术的划时代变革的核心。
二代测序为什么有的用G有的用reads代表测序深度?
二代测序中G就是Gb跟硬盘的Gb一样,因为数据量非常大所以一般都用多少G来生命测序得到的碱基数据。
reads是指读出的短序列、短片段。
测序深度一般用数字加乘号来表示比如100X这样。
表示测序实际得到的有效碱基数据比模板实际碱基数据。
大致就是这样
单细胞测序和三代测序有什么区别?
第一代测序:
指双脱氧末端终止法,扩增后通过毛细管电泳读取序列,每次获取数据量少。
2.
第二代测序:
为高通量测序,采用微珠或高密度芯片边合成边测序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次获得数G数据,相对与第三代,都仍然需要扩增的方法放大信号,扩增后再检测。
3.
第三代测序:
特点是单分子测序,多基于纳米科技,无需扩增,对单分链DNA/RNA直接用合成、降解、通过纳米孔等方式直接测序,核心特点是无需扩增所以成本更低。
